Đối với các dịch vụ hành chính khi giao dịch với cơ quan hành chính nhà nược, CD/DN/TC cần phải đóng một khoản tiền phí và lệ phí. Việc thực hiện dịch vụ công trực tuyến thì CD/DN/TC không cần đến có quan nhà nước, kết qảu sẽ được gửi cho CD/DN/TC qua đường bưu điện và giấy phép điện tử qua hệ thống. Việc thanh toán phí lệ phí trực tuyến là cách thức thánh toán qua mạng mà không cần giao dịch trực tiếp tại cơ quan nhà nước.
Việc thanh toán trực tuyến được tiến hành bới 2 hình thức:
1. Thanh toán qua ngân hàng (Theo hướng dẫn cụ thể trên ứng dụng)
2. Thanh toán qua tin nhắn đối với dịch vụ phí, lệ phí thấp (Cú pháp được hướng dẫn khi CD/DN/TC tiến hành đăng ký thủ tục trực tuyến)